第四十二章 DNA计算机
也就是說，8個碱基就可以用来表示你和其中一個女朋友从见面到拜拜的全過程。這個时候你肯定就要问了，我要你规划一條连续的路径，可ACACGTGT、TCTCAGAG是分离的两條链，這還怎么能玩儿的下去？
很简单嘛，碱基对是可以互补的。你再找一條CACAAGAG，不就可以跟胶水一样，把那两條毫不相关的链给粘起来了嗎？
接下来的事情就更简单了。你有几個女朋友，就用几串8位编码来表示和她们的见面和拜拜的過程。然后你把你的女朋友和胶水都合成一下，扩增個几万亿條，放在一起，养蛊。
根据碱基配对原则，胶水分分钟就能发挥作用，把各种女朋友给粘起来。這個时候，你会得到几万亿條路径。這就是路径遍历的所有结果。
那你又要问，我怎么把最省钱的那一條路径给筛选出来呢？
這也很简单，你的起点和终点是固定的。只要拿起点和终点作引物，扩增一下，起终点正确的路才能被扩增，不正确的会被逐渐稀释掉。至于有些路径上，你少见了几個女朋友，或者重复多见了几個女朋友，這些链的长度肯定是不对的。
最终，你把它们电泳一下，链长的和链短的分开，挑出长度刚好的链，测個序，答案不就出来了嗎？”
艾达否說完，抢過卢赫手裡的水，猛灌了几口，“要知道，1克的DNA可以存储215PB的数据，相当于2亿部小电影。這還不算完，由于碱基配对的速度不慢，這215PB可以直接当作内存用，有几條链就相当于有几個线程并行运行。
有個神仙已经设计出了多项式時間的、基于DNA算法的NP完全算法，只不過减少時間复杂度的时候，牺牲掉了空间复杂度。這個算法实现起来，需要有指数数量的编码方式，和巨额的存储空间。
可這些对DNA来說都是洒洒水，刚才都說了，DNA的存储效率极高。因此，DNA解决NP完全問題，指日可待！”
卢赫听后连连拱手称赞道，“厉害，厉害。不過我有個問題，你刚才說的那個哈密顿路径算法，顶多就是個算法，它有逻辑判断能力嗎？它算個哪门子计算机呦？”
艾达否拧紧瓶盖，把水瓶仍会卢赫怀裡，“你還真是瞎狗端星星——死活看不出個样儿来。我就是给你举個简单的例子，至于逻辑判断，不就是几個通用逻辑门的组合嗎？
与、或、非、与非、或非等通用逻辑门都已经被设计出来了。实际上，只要与非或者或非，所有的逻辑门就都可以实现。”
“呵呵。”卢赫细品了一下艾达否的话，品出了他正极力掩饰的东西，幽幽开口道：“门都已经实现了，可为什么這种神仙东西却迟迟不面世？”
艾达否的气势瞬间萎了下来，“因为還有点問題。你知道链置换過程吧，两條互补链相遇就会立刻粘起来，不管两條链一不一样长，先粘起来再說。就好比你找女朋友，一见钟情一般都是很难的，肯定是遇到合适的，就先谈起来再說。
可是如果日后遇到更合适了的呢？我想以你的人品，肯定会毫不犹疑地把原来那位甩掉，然后和更合适的谈。DNA也一样，如果基链遇到了更搭配的互补链，就会通過链置换原理把当前的互补链踢掉，换成更匹配的一條。
比如与门，它的实现過程就是先给一條基链上贴上一條互补链，然后再给它两條更搭配的置换链，把原来那條互补链给挤出去。這样，两條置换链为输入真，原互补链为输出真，就形成了一個基本的计算单元：与门。”
“你大爷的竟敢质疑我的人品，你不了解我，我可是很专一的一個人。”卢赫拿起怀裡的水瓶，猛地砸向艾达否，“還有，你這是什么破烂与门，那输入链和输入链都是基链的一部分互补链，二者這么相似，你這计算单元计算了個寂寞啊？１＋１等于１？”
艾达否揉了揉被砸疼了的肩膀，长叹了一口气，“就是啊，输入和输出都差不多，计算了個寂寞。所以我现在正在想法子，解决這個問題。”
他說完仰头长啸：“苍天啊，各位神啊，保佑我吧，赐给我一個开天辟地的灵感，拯救我于水火之中吧。下辈子我肯定给你们当牛做马。”
卢赫在一旁暗自思忖，然后发话道，“老艾，你可能要当我的马了。”
艾达否眼前一亮：“什么意思？”
“沒想到啊老艾，当我的马你這么激动。”卢赫笑着說：“我有一個大胆的想法。你知道发夹环嗎？就是DNA上的富含GC的回文序列，转录成mRNA之后，形成的一個倒T形的长得像奶嘴一样的东西。
如果你在基链上设计两個回文序列，它们就有粘在一起的倾向，形成一個发夹环。发夹环底座上的互补链作为输入，它往底座上粘的时候会促使奶嘴两侧的回文序列越粘越紧，直至其上原本的互补链被挤下去，完成链置换。奶嘴上被挤下去的那條链，就是输出。
這样，虽然输出是固定的GC回文序列，但是输入可以是任意的，从而做到输入和输出毫不相关，你這問題不就解决了嗎？”
艾达否听后立刻激动地蹦起，狠狠地拥抱了一下卢赫，然后小跑到图灵雕像前還愿：
“范内瓦·布什，什爷；冯·诺依曼，冯叔；麦席森·图灵，麦伯伯；唐纳德·克努特，唐哥。”他围着雕像转了一圈后，跑回卢赫面前，鞠了一躬，“還有你，我亲爱的儿子，卢小弟。感谢你们赐予我灵感。”
卢赫一脚踹向艾达否：“你大爷的，我才是你爸爸。還說我人品不好，我看你才是個花心大萝卜，拜了這么多人。”
艾达否灵活地闪躲，“這你就不懂了，buff不嫌多。你這么些天早出晚归的，一定也遇上什么困难了吧？”
艾达否說完，走上前把卢赫拉起来，“走走走，拜拜去。老祖宗說得好，心诚则灵。”
卢赫起身，但并沒有走向雕像，而是转身面朝生科楼，楼侧裡德实验室几個大字被灯带围了起来，正发着惨白的光。
他并不相信艾达否的鬼话。但如果一定让他拜一個人的话，他只想真诚地问罗伯特·裡德一句话：
我尊敬的裡德先生，你发明的锌指技术，曾经创造了那么多的辉煌。可又为什么在几十年后的今天，如此黯然失色？
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